Las asociaciones colaborativas con los pueblos indígenas no solamente abarcan las distintas perspectivas que ofrece el conocimiento ecológico tradicional (TEK, por sus siglas en inglés), sino que pueden generar estructuras únicas de gobernabilidad que promueven las conversaciones y las acciones comunitarias. De hecho, más de 20 Bosques Modelo cuentan con destacada participación indígena, como por ejemplo representación en sus Juntas Directivas.
Algunos ejemplos de participación indígena en las actividades de los Bosques Modelo incluyen:
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